La opción más directa es LibreOffice Impress, bastante similar a Powerpoint.
Otra opción es Inkscape . Si bien se le conoce por su faceta de «herramienta de diseño vectorial», también permite crear presentaciones mediante plugins como Sozi (bastante similar a la popular Prezi) o JessyInk.
En ambos casos, la idea es abrir el archivo SVG de Inkscape en un navegador, que se encarga de dar interactividad para la presentación.
A continuación resumo los puntos básicos de JessyInk.
Lo primero es integrar el código Javascript de JessyInk en el documento SVG, mediante la opción Instalar del menú Extensiones / JessyInk.
Definir las proporciones del documento (Propiedades)
Para una presentación «clásica», crear una capa por cada diapositiva. El orden de «reproducción» se basa en el nombre de la capa.
Para una presentación más Prezi, crear rectángulos y convertirlos en vistas.
Crear la capa que hará de diapositiva «maestra», y definirla como tal en Extensiones / JessyInk / Diapositiva maestra. Lo que coloquemos en esta capa aparecerá en todas las diapositivas
Una vez abierto el SVG en el navegador, se puede cambiar de diapositiva con los cursores.
2018 update: reveal.js permite crear fácilmente presentaciones usando Markdown, HTML y CSS. Pueden reproducirse desde un servidor web local, publicarlas en la web, o exportarlas a PDF. remark.js también se basa en Markdown, pero no necesita servidor web (la página con la presentación se puede abrir directamente en el navegador). Inspire.js incluye de serie un diseño moderno y elegante; se centra en HTML (las diapositivas se definen directamente en el código HTML)
En el artÃculo de Wikipedia Web-based slideshow hay enlaces a otras herramientas para hacer presentaciones basadas en «web»