Inkscape no soporta per-se múltiples páginas (por el rechazo del estándar SVG).
Sin embargo, pueden simularse como capas, guardarlas por separado («Layers as separate SVG, .tar»). Extraer esos svg del tar, y luego convertirlos a PDF (con algún comando como cairosvg, o el propio inkscape)
# con cairosvg cairosvg page1.svg -o page1.pdf # con inkscape inkscape page1.svg --export-pdf=page1.pdf
Por último, se pueden combinar todos esos PDF sueltos en un único PDF.