Lo primero, detener todas las posibles escrituras.
Reiniciar con un Live CD, por ejemplo el estupendo Kali Linux (que además incluye extundelete).
Hacer una imagen de la partición (o volumen) de la que se quieren recuperar los datos. La imagen se puede guardar en otra partición, en un disco externo, en otro ordenador…
Después, se puede pasar a intentar recuperar los ficheros a partir de la imagen, con herramientas como extundelete:
extundelete --recover-all imagen.img
extundelete ofrece opciones para concretar el qué intentar recuperar (y asà ahorrar algo de tiempo)
Obviamente, lo suyo es recuperar de una copia de seguridad (backup), pero no siempre es posible…